- Docente: Alberto Acquadro
Il corso propone un’introduzione pratica ai principali strumenti di analisi dei dati provenienti da tecnologie di sequenziamento di nuova generazione (NGS). Attraverso un approccio step-by-step, il partecipante imparerà a pulire, manipolare e interpretare dati in formato FASTQ, FASTA e VCF, con strumenti open-source come fastp, bwa-mem, bcftools, samtools e BLAST.
Il corso è strutturato in 6 MODULI:
- Introduzione alla bioinformatica e ai dati NGS
- Utilizzo della shell Linux
- Formati di file (FASTA, FASTQ, VCF) e pulizia delle sequenze
- Allineamento delle sequenze fastq
- SNP mining e gestione varianti
- Allineamento locale con BLAST
Conoscenza e comprensione
- Comprendere la natura dei dati NGS e i principali formati file
- Conoscere gli strumenti principali per la pulizia, l’allineamento e l’analisi di dati genomici
Capacità di applicare conoscenza e comprensione
- Utilizzare comandi bash per gestire dati bioinformatici
- Eseguire una pipeline di base in bioinformatica usando software open-source
- Analizzare output BLAST e file VCF
Autonomia di giudizio
- Valutare la qualità delle sequenze NGS
- Identificare criticità nell’output degli strumenti utilizzati
Abilità comunicative
- Redigere brevi report su attività di analisi svolte
Capacità di apprendimento
- Esplorare risorse open per l’autonomia nello studio
Superamento del test finale a scelta multipla + completamento delle attività intermedie (quiz)
Saranno disponibili quiz per valutare il proprio livello di apprendimento e consolidare le conoscenze acquisite.
Conoscenze base in biologia molecolare. Nessuna esperienza di programmazione richiesta.
Alberto Acquadro
Alberto Acquadro
alberto.acquadro@unito.it
Per problemi tecnici:
edvancedeh@unito.it