Comenio nacque a Nivnice in Moravia (nell'odierna Repubblica Ceca) nel 1592. Figlio di ungheresi, alla morte dei genitori (1604) venne affidato ad una zia. Giovanissimo si trasferì in Germania, ad Heidelberg, per completare i suoi studi. Qui iniziò a scrivere due grandi opere che tuttavia non portò a termine.

Finita la scuola, fra il 1614 e il 1616 fu direttore della scuola latina di Přerov, dove aveva studiato anch'egli. Nel 1616 divenne pastore della comunità hussita dell'Unione dei Fratelli Boemi. Dopo la Battaglia della Montagna Bianca (1620) e la conseguente fine della libertà protestante, Comenio fu costretto all'esilio. Dapprima si recò in Polonia, dove proseguì la sua attività di predicatore e fu nominato vescovo dell'Unione, approfondendo allo stesso tempo il suo interesse per la pedagogia e redigendo buona parte delle sue opere. Ottenuta una certa fama in materia, cominciò a viaggiare attraverso l'Europa, visitando l'Inghilterra e, successivamente, la Svezia dove scrisse un importante saggio sull'apprendimento delle lingue straniere. Dal 1650 si stabilì in Ungheria, insegnando nel Collegio Calvinista di Sárospatak, dove scrisse varie opere, tra cui il famoso e per secoli utilizzato Orbis sensualium pictus (1653).

Dopo brevi soggiorni in Polonia e in Germania, Comenio si trasferì ad Amsterdam su invito di un amico. In Olanda Comenio pubblicò un insieme di 43 opere con il titolo Opera Didactica Omnia. Morì ad Amsterdam il 15 novembre del 1670.

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